Doña Carmen Gandarias fue la última descendiente de esta destacada familia de empresarios y filántropos vizcaínos. Por ello, en las postrimerías de su vida, doña Carmen decidió crear una fundación que llevara su nombre, para que continuara la labor filantrópica realizada por ella y su familia durante décadas. La Fundación nace, por tanto, como heredera del legado filantrópico de la familia Gandarias. El 15 de abril de 1988 se firmó el documento de creación de la Fundación que lleva su nombre.

La Resolución de 18 de enero de 1989 del Departamento de Trabajo y Seguridad Social del Gobierno Vasco (Boletín Oficial del País Vasco de 1 de febrero de 1989) aprueba clasificar la Fundación como institución de beneficencia particular y acuerda su inscripción en el Registro de Fundaciones del País Vasco.

Tras su fallecimiento, ocurrido el 21 de diciembre de 1993, y la realización en 1994 de todos los trámites necesarios, podemos considerar que 1995 es primer año completo de actividad fundacional plena.

Desde 1995 hasta la actualidad, la Fundación ha desplegado una intensa actividad financiadora de programas y proyectos de instituciones sin ánimo de lucro, que trabajan a favor de los estratos más desfavorecidos de la sociedad, en cumplimiento del mandato expresado por doña Carmen en el fin fundacional.

A lo largo de estos 30 años, la Fundación ha ganado capacidad económica y potencial de ayuda, esforzándonos en establecer unas sólidas bases de desarrollo que nos permitan continuar cumpliendo el mandato fundacional, si cabe, mejor y en mayor cuantía.

Actualmente, en 2024, la Fundación está ayudando a financiar 66 programas y proyectos ubicados en 16 países, desarrollados por 56 entidades sin ánimo de lucro. Desde sus inicios, la Fundación ha destinado 44,8 millones de euros al fin fundacional, habiendo aplicado, un 71% de sus ayudas a programas y proyectos desarrollados en el ámbito nacional y un 29% en el internacional.